-主人公はネギ・スプリングフィールド！
魔法使いの修行として、わずか10歳ながら麻帆良学園で英語科の先生をしている。
そんな、彼が赴任している麻帆良学園である日事件が発生！
なんと、麻帆良学園中等部2-Aの生徒達が図書館島で行方不明になってしまったのだ！

しかも、その図書館島には、父であり、
最強の魔法使いサウザンドマスターでもある
ナギ・スプリングフィールドの秘密も隠されていた！

明日奈・木乃香・のどかたちの運命は・・・
そして、父ナギの秘密とは・・・

おこちゃま魔法使いネギは、謎に満ちた麻帆良学園図書館島で、
教え子たちを救い、父ナギの秘密に近づくことが出来るのか！

原作コミック、ＴＶアニメでは語られなかった、
まったく新しい「ネギま！ワールド」を堪能しよう！