竜とその落とし児の脅威に対抗するため、喰種の研究者・西野貴未（にしの　きみ）らが場所を特定した竜の中心部に、“落とし児の毒”に耐性のある金木が向かうことに。　そんな中、黒山羊の本部を和修家側近の武装集団“Ｖ（ヴィー）”が襲撃。月山習（ツキヤマ　シュウ）、西尾錦（ニシオ　ニシキ）らが〔CCG〕と協力し応戦するが、Ｖと手を組むピエロが“秘密兵器”を投入し、さらなる激闘が繰り広げられる。
一方、アヤトとともに調査に向かった金木は、ついに首謀者、旧多と対峙する――。