西暦2205年。
歴史改変を目論む「歴史修正主義者(れきししゅうせいしゅぎしゃ)」が過去への攻撃を開始した。
対峙する時の政府は歴史の守りとして「審神者(さにわ)」なる者を過去へと派遣する。

物の心を励起(れいき)する審神者の力によって生み出された、
刀剣に宿りし付喪神「刀剣男士(とうけんだんし)」たちは、審神者と共に歴史を守る戦いへと身を投じる。

本丸がまだできて間もない頃。
山姥切国広率いる第一部隊は、主の命により《小田原征伐》の時代を訪れていた。

そこは時間遡行軍の歴史改変対象となる通常の出陣先ではなかったが、
今後、改変対象となり得る時代かどうかを調査するために、山姥切たちは遣わされたのだった。

その調査の地で、いるはずのない時間遡行軍の奇襲に遭う刀剣男士たち。
歴史改変の対象ではない時代になぜ時間遡行軍はいたのか?
負傷した骨喰を連れてうち捨てられた猟師小屋へと身を寄せた刀剣男士たちは、困惑と経験不足によって統率を乱していくこととなる。

見廻りに出た山姥切と山伏は、そこで小田原征伐に参陣していた黒田官兵衛と長政の親子と出会う。
素性を怪しまれた山姥切・山伏・同田貫は、官兵衛によって黒田の陣へと連れて行かれるのであった。
また長谷部・小夜・骨喰は、山中で目撃した時間遡行軍のあとを追跡する。その先にたどり着いたのは、黒田の陣であった。

時間遡行軍はなぜ黒田の陣の近くに姿を現したのか?