地球を侵略しにやってきた宇宙人——その名はケロロ軍曹。
隠密行動中に日向冬樹と日向夏美に見つかり、日向家に居候することに。
個性豊かなケロロ小隊が地球人たちを巻き込んで繰り広げる、ペコポン侵略計画そっちのけのコミカルな日常と、予測不能な大騒動！果たしてケロロ小隊は、ペコポンを侵略できるのか—
「月刊少年エース」（発行：株式会社KADOKAWA）にて絶賛連載中の、吉崎観音による大人気漫画『ケロロ軍曹』。
2004年にTVアニメ化し、社会現象を巻き起こした『ケロロ軍曹』が、まさかのミュージカル化！
歌って踊って侵略せよ！ ハッピーコメディミュージカル！
ペコポン侵略のためにケロン星からやってきた、ケロロ小隊。
しかし、今日も侵略計画そっちのけで怠惰な日々を送るケロロ軍曹。
そんな中、タママは故郷・ケロン星への想いを募らせ、「ケロンシック症候群」を発症してしまう。
そこで、クルルが開発中のAI、通称・“KI”によって作り出された仮想空間、“ナンチャッテケロン星”へ、ケロロ小隊と冬樹たちは繰り出すことに！
なんやかんや“ナンチャッテケロン星”を満喫する一行だったが、KIは独自の進化を遂げ、
ケロロたちを複製した「メタケロロ小隊」を生みだしてしまう！
一行の前に立ちはだかる、”完全無欠”のメタケロロ小隊の目的とは——
ケロロたちは無事に現実世界に戻ることはできるのか！？
